2016年1月29日，科技部、财政部和国家税务总局于联合发布了新《高新技术企业认定管理办法》。新认定管理办法适当放宽了以前过于严格的认定条件，加大了对中小科技企业的政策扶持力度，说明国务院鼓励科技创新，促进经济转型升级的意愿。新的认定管理办法的主要有四个变化。
昆山市高企认定条件有变化
1、取消“具有大学专科以上学历的科技人员占企业当年职工总数的30%以上，其中研发人员占企业当年职工总数的10%以上”要求，改为“企业从事研发和相关技术创新活动的科技人员占企业当年职工总数的比例不低于10%。”
2、认定时最近一年销售收入小于5,000万元（含）的企业，研究开发费用总额占同期销售收入总额的比例不低于5%（原6%）
3、取消了近3年内获得知识产权或取得5年以上独占许可的条件。
4、增加了认定条件：企业申请认定前一年内未发生重大安全、重大质量事故或严重环境违法行为。
高新技术领域有变化
扩充重点支持的高新技术领域，将制造业中的增材制造与应用等新技术和服务业中的检测检验认定等技术，以及文化创意、电子商务与现代物流等领域的相关技术纳入支持范围，同时剔除一批落后技术。
监督管理范围有变化
取消了企业因偷、骗税被取消资格的规定，取消了认定机构5年内不再受理取被消高新资格企业申请的规定。增加了近三个会计年度企业所得税年度纳税申报表资料，明确了未报告重大变化和2年未填报年度发展情况报表将取消资格：企业发生分立、合并、重组以及经营业务发生变化等重大变化的应在三个月内向认定机构报告；企业未按期报告与认定条件有关重大变化情况，或累计两年未填报年度发展情况报表的，将取消资格，由税务机关按照征管法及有关文件规定进行处理。
增加了涉密企业认定
对于涉密企业的认定做出了规定：按照国家有关保密工作规定，在确保涉密信息安全的前提下组织认定。
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